税务局回复：
尊敬的纳税人（扣缴义务人、缴费人）您好！您提交的网上留言咨询已收悉，现答复如下：
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二、根据《中华人民共和国发票管理办法》及其实施细则的规定，销售商品、提供服务以及从事其他经营活动的单位和个人，对外发生经营业务收取款项，收款方应当向付款方开具发票。开具发票应当按照规定的时限、顺序、栏目，全部联次一次性如实开具，并加盖发票专用章。单位和个人在开具发票时，必须做到按照号码顺序填开，填写项目齐全，内容真实，字迹清楚，全部联次一次打印，内容完全一致。
因此，收款方应当按照发票管理办法规定及实际经营业务的内容如实向付款方开具发票。
也就是说：
分公司和总公司各自作为独立的增值税纳税人，如果相关交易是由总公司与客户之间发生的，即便是分公司签订的合同，也应该是总公司开具发票；如果相关交易是由分公司与客户之间发生的，应该由分公司开具发票，而不能由总公司开具发票。
